La organización de la congregación judía de Ámsterdam, que hemos explicado en el artículo anterior, no funcionó siempre sin enfrentamientos. En 1618-1619, un conflicto sobre el reparto de poderes, hizo estallar la congregación. El origen de las discrepancias no está claro. Diversas acusaciones fueron pronunciadas, contra uno de los dirigentes de la Beth Jacob, un cierto David Farrar, médico de reputación liberal, es decir, libre-pensador según sus adversarios. Farar fue denunciado (o, incluso, objeto de expulsión, o “harem”) por Joseph Pardo, el rabino de Beth Jacob. La congregación se dividió en dos campos, un grupo sostuvo a Farar y, el otro al rabino Pardo. Al final los partidarios de Pardo, decidieron abandonar la congregación y, crear una nueva llamada “Ets Haïm (Árbol de la vida) y, más tarde, “Beth Israël”. Mientras tanto, con la marcha de Pardo, Saul Levi Mortera tomo el relevo, como primer rabino de Beth Jacob. Fue apoyado, dentro de la facción pro-Farar, entre otras personas, por Abraham de Spinoza, que acababa de llegar de Nantes. A pesar de su autonomía propia, Beth Jacob, Beth Israel y Neve Shalom (fundada posteriormente) lograron cooperar en diversos campos, en particular cuando se trataba de proyectos de importancia mayor, para la comunidad judía portuguesa, entendida en sentido lato.